Тобольская Православная Духовная Семинария является духовным учебным заведением. Это значит, что в Семинарии на первом месте стоит духовное воспитание учащихся.
Духовное воспитание в Семинарии направлено на подготовку духовных наставников и руководителей – добрых пастырей Церкви, хорошо знающих Православную веру, усвоивших основы правильной духовной жизни, понимающих и любящих православное богослужение.
Подготовить себя к пастырскому служению учащимся помогает соблюдение распорядка дня и внутренних правил Духовной школы.
В обычные будние дни подъем в Семинарии – в 7:00. В 7:40 – утренняя молитва в столовой и завтрак. Учебные занятия начинаются в 8:30. Каждый день бывает четыре занятия продолжительностью по 80 мин. После второго занятия – большой перерыв, во время которого – полдник. Обед – в 15:00, затем для студентов I-III курсов трудовые послушания (уборка территории Тобольского Кремля, заготовка дров для семинарской бани и др.). С 17:30 до 19:40 для воспитанников I-IV курсов – вечерние занятия. На это время студенты собираются в учебные аудитории и самостоятельно готовятся к лекциям, семинарам, пишут семестровые сочинения или курсовые, занимаются в библиотеке. В 20:00 – ужин и вечерняя молитва в Покровском соборе. В период Рождественского и Великого поста студенты V курса перед вечерними молитвами читают по очереди по одной кафизме из Псалтири. Студенты III курса после молитвенного правила произносят проповеди. В 23:00 – отбой.
Это обычный распорядок дня. Непосредственно за его выполнение отвечает штат дежурных помощников проректора по воспитательной работе.
Все воспитанники Семинарии, кроме 5 курса, по понедельникам, четвергам и субботам участвуют в богослужебной практике. Они разделены на певческие группы по 12-15 человек. Богослужение совершается в Покровском соборе вечером с 17:00, утром – с 6:00, до начала учебных занятий. Во время богослужебной практики студенты отрабатывают навык пения по гласам и чтения на церковно-славянском языке; кто-то из учащихся управляет хором, кто-то несет послушание уставщика (т.е. следит за правильной очередностью чтения и пения), кто-то прислуживает в алтаре.
Каждую среду (кроме дней Великого поста), вечером, в Покровском соборе совершается акафист Божией Матери, а в воскресные дни – акафист святителю Иоанну, митрополиту Тобольскому – духовному покровителю Тобольских Духовных школ. Каждую субботу и воскресенье, а также в большие церковные праздники все студенты Семинарии участвуют в богослужении.
Одно из основных послушаний в Семинарии – певческое. В Духовной школе два семинарских хора. На сегодня концертный хор Семинарии является настоящим ее украшением. Над возрождением церковно-певческой традиции в Духовной школе много потрудились игумен Максим (Дмитриев), один из ее первых педагогов (ныне епископ Барнаульский и Алтайский) и преподаватель семинарии священник Игорь Хмелев, который руководит хором в настоящее время. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, трижды посещавший Тобольско-Тюменскую епархию (в 1994, 1998 и 2001 годах), дал высокую оценку хору Семинарии, отметив его особенное, «сибирское» звучание.
Хор Тобольской Духовной семинарии в январе 2001 года по благословению Святейшего Патриарха был приглашен в Москву и пел за богослужением в храме Христа Спасителя, на котором была совершена хиротония преподавателя Семинарии архимандрита Максима (Дмитриева) во епископа Барнаульского и Алтайского. В июле 2002 года группа хора во главе с архиепископом Димитрием во второй раз, совместно с правительственной делегацией Российской Федерации, посетили Словению. В январе 2006 года хор Семинарии по благословению Святейшего Патриарха Алексия принимал участие в праздничном концерте XIV Международных Рождественских чтений, проходившем в зале церковных соборов храма Христа Спасителя. В апреле 2006 года, на Светлой Седмице, преподаватели и студенты Семинарии, по благословению Святейшего Патриарха, посетили Святую Землю. Хор Семинарии пел за богослужением в храме Воскресения Христова на Гробе Господнем, а также в храмах Русской Духовной Миссии.
Спевки семинарских хоров проходят по понедельникам и субботам во внеучебное время. Перед большими церковными праздниками спевки проводятся чаще. Каждый воспитанник Семинарии имеет свое послушание. Кто-то поет в хоре, кто-то трудиться в алтаре или просфорне, кто-то следит за порядком и чистотой в храме. Также студенты несут послушания пчеловодов, садовников, помощников библиотекарей, фотографов, видеооператоров, банщиков и другие.
Одно из самых сложных послушаний в Семинарии – наставник Гимназии. При Духовной школе действует Интернат, состоящий из более чем 40 детей в возрасте от 10 до 16 лет. Все они являются учащимися Тобольской Православной гимназии. Наставники почти постоянно находятся с детьми и стараются научить их не только правилам христианского благочестия, но и элементарным правилам личной гигиены, ухода за собой. Это отнимает очень много времени, душевных и физических сил.
При Семинарии действует братство святого великомученика Димитрия Солунского, членами которого являются студенты Духовной школы. Они регулярно посещают детские дома города, где говорят детям о Боге и нравственности, посещают больницы, подготавливая людей к Таинствам Исповеди и Причащения, навещают пожилых, нуждающихся в помощи, людей.
При Семинарии, как Духовном центре Сибири, регулярно проходят различные мероприятия: фестивали, семинары, круглые столы, конференции. Студенты Духовной школы активно участвуют как в самих мероприятиях, так и в их организации.
На протяжении уже многих лет студенты Семинарии III-V курсов по благословению Святейшего Патриарха Алексия проходят миссионерскую практику, выезжая в начале учебного года и на Светлой Седмице в города и селения Тобольско-Тюменской епархии. Во время этих поездок студенты встречаются с учащимися средних школ, колледжей, вузов, посещают детские дома и дома престарелых, участвуют в богослужениях. Студенты рассказывают о Семинарии, ведут беседы на духовные темы, дают концерты духовных и народных песнопений. Встречи, как правило, проходят живо и интересно. Учащиеся получают опыт общения с людьми, могут на деле применить знания, получаемые в Духовной школе. На Светлой Седмице в 2006 году воспитанники Тобольской Духовной семинарии для прохождения миссионерской практики впервые выехали в другие епархии: Омскую и Тарскую, Челябинскую и Златоустовскую, Курганскую и Шадринскую, Пермскую и Соликамскую, Красноярскую и Енисейскую. Миссионерские поездки в других епархиях прошли успешно. Все студенты Семинарии обеспечиваются жильем. Они проживают в благоустроенных кельях по 2, 4, 6-10 человек. В настоящее время строится новое общежитие на 250 мест. Свободное время, которого у студентов не много, воспитанники Семинарии проводят в библиотеке (в библиотеке Тобольской Духовной семинарии более 40 тыс. единиц хранения), в спортзале или на природе, если позволяет погода. Кто-то просто отдыхает, осваивает музыкальные инструменты (фортепиано, гармонь), занимается еще чем-то.
С 2005 года в Духовной школе издается студенческий журнал «Семинария». Студенты принимают активное участие в подготовке и издании номеров журнала.
Воспитательный процесс в Тобольской Духовной семинарии строится в соответствии с принципами православной педагогики. В Духовной школе категорически запрещается употребление спиртных напитков, курение, грубое отношение к ближним, рукоприкладство. За несоблюдение этих правил студента Семинарии отчисляют из состава учащихся. В случае нарушения студентом распорядка дня, его вызывают для объяснения к дежурному помощнику проректора по воспитательной работе. При более строгих нарушениях студента приглашают к самому проректору, который проводит с ним беседу нравственного содержания. При таких беседах студенты, как правило, правильно реагируют на замечания и стараются исправиться.
Воспитательный процесс в Семинарии не ограничивается требованиями к личной дисциплине и успеваемости учащихся, но предполагает научение истинно христианской, церковной жизни. С этой целью в Духовной школе проводятся встречи учащихся с духовником Семинарии, каждую пятницу на вечерней молитве совершается чин общей исповеди. Преподаватели Семинарии стараются и словом, и делом донести до студентов ту истину, что воспитание христианина, доброго пастыря и учителя невозможно без тщательного и деятельного изучения Священного Писания, опыта жизни святых Отцов, научения правильной молитве, привития любви к храму и богослужению.
Можно сказать, что студент Семинарии, понуждающий себя к исполнению заповедей Божьих, соблюдающий распорядок дня и правила поведения Духовной школы, почтительно относящийся к преподавателям и наставникам, стоит на правильном пути и за время обучения в Духовной школе подготовит себя к достойному служению в Церкви.